Η περιοχή της τελευταίας ΕΠΜ μελέτης περιλαμβάνει συνολικά 25 περιοχές Natura 2000 των Περιφερειακών Ενοτήτων Θεσπρωτίας, Ιωαννίνων, Πρέβεζας και Γρεβενών, καλύπτοντας σημαντικά οικοσυστήματα ορεινών, υγροτοπικών και παράκτιων περιοχών